Duża część nakładów finansowych będzie pochodzić ze środków własnych GAZ-SYSTEM S.A. oraz kredytów pozyskanych z banków komercyjnych. Spółka ubiega się również o dofinansowanie strategicznych inwestycji przez instytucje europejskie, takie jak Europejski Bank Odbudowy i Rozwoju czy Europejski Bank Inwestycyjny.

Dodatkowo, GAZ-SYSTEM S.A. pozyskał istotne wsparcie finansowe Komisji Europejskiej dla realizowanych projektów strategicznych. Spółka jest beneficjentem następujących programów unijnych:
1. Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko (POIiŚ),
2. EEPR (European Energy Programme for Recovery),
3. TEN-E (Trans-European Networks - Energy).

Program TEN-E (Trans-European Networks - Energy)
Trans-European Networks - Energy (TEN-E) to program Unii Europejskiej mający na celu rozbudowę i modernizację sieci europejskiej infrastruktury energetycznej. GAZ-SYSTEM S.A. otrzymał dwukrotnie finansowanie Unii Europejskiej w ramach budżetu TEN-E w celu prowadzenia działań przedinwestycyjnych projektu Gazociąg Bałtycki/Baltic Pipe. Uzyskane przez GAZ-SYSTEM S.A. przeznaczono na realizację działań ujętych w projektach:
- "Gazociąg Bałtycki - gazociąg z Danii do Polski - badania przedinwestycyjne i postępowanie administracyjne",
- "Gazociąg Bałtycki - gazociąg z Danii do Polski - badania geotechniczne dna morskiego, program monitorowania środowiska, studium jakości gazu oraz analiza funkcjonalna terminalu odbiorczego w Polsce".

Łączne dofinansowanie w ramach programu TEN-E wyniosło 4,31 mln euro.